解放初的四川渝州，土匪头子白敬斋被镇压。白家的老宅被档案馆征用，但是这里因为白敬斋的死而传说闹鬼，人人自危。刚刚调到档案馆的文员龙飞搬进了白家老宅。
在住进这破旧阴森的老宅的当天，龙飞邂逅了失散多年的大学恋人南云，他心潮起伏思绪万行，但是南云却只是淡淡地告诉他自己在中学当教师，龙飞惆怅地看着婷婷袅袅的她远去。为了照顾家在北京的龙飞，馆长给他在档案馆里找了间宿舍。可是别人都不愿意在这个谣传闹鬼的老宅里住。但龙飞不怕，他独自一人住了下来。
但是第二天一大早龙飞睁眼醒来却发现自己睡在院子里，而且还有一陌生人的眼睛打量着他，他感到十分奇怪。同事们开始议论老宅闹鬼的事，白敬斋全家都被害死了，所以他的女儿变作了鬼，回来报仇。龙飞在学校食堂里再次见到南云，又燃起他内心的万千情感。
他问南云为什么突然失踪?多年没有音讯。结果南云的回答不置可否，两人不欢而散。当晚龙飞把闹钟的铃定好了，可是第二天一早他却再一次的睡在院子里，大家开始对他议论纷纷。
梅花档案第2集剧情介绍档案馆同事开始疏远龙飞。接上来的事更奇怪，他的床头竟然不知什么时候插了一枝干梅花。他的桌子上也有干梅花，同事对他非常不满，让他赶紧把这干梅花收起来，因为传说只要一出现干梅花就要死人。
但龙飞却悻悻地说，这是我的桌子，想放什么是我的事，再说我才不信鬼呢。南云告诉龙飞，让他认识自己的学生叶雷的父亲，当年追剿白敬斋的叶枫聊聊，也许对他有帮助。叶枫告诉龙飞，当年白敬斋被朋友出卖，他的三个女儿也被人杀害。
但叶枫决不相信有鬼。直到第二天中午，龙飞才醒来，发现档案处里全是公安人员。打扫老宅的清洁工刘佑德横尸宅内。档案馆人人自危，纷纷收拾东西准备离开，眼看着白家老宅又要成为一幢“鬼宅”。有人向公安局的刑警队长肖克反映了龙飞的可疑，肖克住进了档案馆开始了调查。
夜里，肖克非常警觉，眼睛一眨不眨地环顾四周，忽然眼前闪过一个白衣人影，肖克紧紧地尾随其后想看个究竟，直到他离这个人越来越近，对方从他的脸前走过时竟然看他一眼，他吃惊地大气都不敢喘——这个人竟然就是龙飞!原来他在宅子里夜游。肖克见此情形，纵然是有些胆量，也吓得浑身冒汗。
梅花档案第3集剧情介绍肖克怀疑龙飞可能和刘佑德的死有关，他借同住之机，一边小心提防龙飞，一边旁敲侧击地摸龙飞的底，肖克展开了一系列的调查。肖克在学校调查的时候见到了美丽的南云，对她十分殷情，心里暗暗地喜欢上了她。龙飞、肖克依然住在档案馆，可是第二天早晨醒来的时候肖克却发现自己也躺在院子里的水泥地上。
梅花档案剧照
龙飞和肖克突然明白他们俩其实都在梦游，他们开始怀疑梦游的原因，觉得一定有人在捣鬼。他们每天都在学校食堂搭伙，会不会是什么人在食堂的饭菜中放了药物，但这个人会是谁呢?南云殷情地邀请肖克晚上到她宿舍和龙飞一起做饭吃，肖克欣然接受，甚至有点莫名的高兴。
晚上，南云宿舍的饭桌上，龙飞和肖克暗自较劲，肖克的话显然比平时多，肖克的主动，却无意中激发了龙飞和南云之间原本朦胧的爱火花。肖克自然看出龙飞是“情敌”，对龙飞的怀疑上又多了一层嫉妒。可是叶蕾也来蹭饭，缠着肖克问破案的事，让他很烦。这天夜里两人依然没有放松警惕，在档案馆的的院子里又同时发现了窗外有个一闪而过的身影，于是他们决定出去追踪，但是两个人开始恍恍惚惚，双腿发软。
龙飞见同样的变化出现在两个人身上，顿感是人为所至。可是今天他们是在南云家吃的饭，为什么依然会神志不清呢?他们把食堂做饭的师傅——清洁工刘佑德的老伴刘太太倒掉的菜拿去化验。刘太太做的饭菜的化验结果出来了，没问题，他们俩决定到刘家找刘太太了解情况。
梅花档案第4集剧情介绍龙飞却多了个心眼，他找到叶蕾，询问昨天晚上有没有恍惚、睡过头，或是梦游的反应，叶蕾一切正常，南云知道龙飞的怀疑后十分气愤。而就在这时候，刘太太却忽然失踪了。肖克和龙飞决定去刘太太家找她，却在她家的地窖里发现了刘太太的死尸。刘太太死了，她的饭菜又没有问题，那问题出在哪了呢?
刘太太和刘佑德，这其中的关联，不是闹鬼那么简单。龙飞对晚上时时作响的水管产生了怀疑，龙飞忽然想到，是自来水管有问题，这奇怪的声音很像是水管抽水的响声。这时候他们两人都看见了一个白色的影子。龙飞想告诉肖克，但为时已晚，肖克刚刚喝了茶。在药力发作之前，龙飞想借肖克的枪来守夜，肖克断然拒绝，还趁着最后的清醒，把枪藏了起来。
龙飞一个人去了院子里追那个穿白衣披着长发的影子，飘飘忽忽地突然出现在龙飞的面前，当她看到龙飞十分清醒的时候，竟显得十分惊惧。此时，反倒让龙飞塌实了很多，影子肯定是人，根本没什么可怕的，但一瞬间又肖失了。南云宿舍突然窜出几只老鼠，龙飞奋力扑打，那一幕仿佛又让他们回到了大学时代。公安局调查发现死去的刘家是假冒的，可为什么要有人假冒他们呢?这冒名顶替的是什么人呢?
肖克和龙飞都更加怀疑每晚作响的水管，他们于是开始顺着水管查找水的问题，可不成想顺着水管的方向果然找到了隐藏多年的暗道。暗道很深，而且还发现了一个巨大的迷宫样的防空洞。里面的墙壁上还印有巨大的梅花图。地下迷宫的发现，让龙飞和肖克信心大增，他们感觉到，老宅“闹鬼”的谜马上就要揭开了。肖克调来市政工人，抽干地下迷宫的水，看看里面到底有什么蹊跷。
梅花档案第5集剧情介绍龙飞因那晚探查地下迷宫而感冒了，南云来照顾他，又勾起了两人以前的情愫，龙飞和南云相互倾诉这么多年来分手之后的情况。原来龙飞的父亲曾经是资本家，解放前工厂倒闭跳江自杀了，成为孤儿的龙飞参加了革命。南云听后情不自禁地告诉龙飞，自己的母亲为了保护自己被坏人抓走了，一去不复返，两人如此相似的经历使曾经分开的心又靠近了。
抽水的工人们夜以继日的工作，突然从抽出的地下水里发现了人骨头，工人们吓的四处逃散，肖克拿着骨头去做鉴定。更让人吃惊的是龙飞在档案馆的镜子上又发现了暗道机关，进去看后是防空洞的另一个入口，龙飞壮着胆子独自在地下迷宫中寻找那些人骨的出处，龙飞又发现了三具尸骨。
顺着迷宫走出一看原来是刘太太家的后门。那么刘太太和底下迷宫到底是什么关系?究竟是不是刘太太往水里放的致幻剂?刘太太和女鬼到底有没有关系?龙飞回到宿舍准备睡觉，突然灯灭了，听到异常响声。
梅花档案第6集剧情介绍龙飞循声而去发现原来是肖克和公安小刘进住了档案馆，肖克让龙飞保密他们入住的秘密。南云来到龙飞的宿舍俩人一起做饭吃，天黑了龙飞送南云离开，南云突然看见一个白衣人影闪过。龙飞、肖克以为刘太太死了水就没问题了，于是毫无防备地喝了水，二人又有不同程度的迷糊。恍惚间那个影子又出现，并且走入地下迷宫，像是寻找什么东西。龙飞和肖克全力追赶，却敌不过药力发作。南云和回去后想起那个闪过的人影，睡不塌实，就返回来找龙飞。
看到肖克藏起来的枪，顺势拿起赶到迷宫，对女鬼连开数枪，同时自己也受了伤。龙飞和南云再一次经历了生与死的考验，心灵再一次相交，他们决定结婚。公安局派人进一步调查迷宫，肖克和龙飞终于在地下迷宫的墙上找到一个密室。发现了一本相册和一个装着一张纸的玻璃瓶。龙飞急不可待地打开那张纸，上面是梅花和人名，但是没等看清，纸便自燃了。龙飞吓得不敢动其他东西，原封带给技术部门。
相册中有十二张照片，照片上都是年轻男人，玻璃瓶中能装过什么药水，但是已经挥发开净了，法医告诉肖克是因为那个小瓶上有磷粉，所以那张纸都会自燃。不过可以肯定，这密室里找到的东西很可能使一起重大案件初露端倪，而所有的线索终于开始有了一个清晰的走向。肖克认为女鬼就是特务，是白敬斋留下的人来找重要的东西。
梅花档案第7集剧情介绍“女鬼”叫庄美美，她的丈夫叫夏文亭，在一家保密单位工作，似乎这是一个大案子。经过调查发现那十二个照片上的男人是白敬斋留下的特务组织成员，这个组织叫梅花组织。肖克他们找到了夏文亭，夏文亭对妻子的死很悲伤，虽然很爱庄美美，但却并不了解她。
夏文亭告诉他自己是工程师，父亲是大学教授，他和父亲是解放的时候国外回来参加新中国建设的，参加了雷达站的设计。这次设计对外严格保密，地方公安部门一概不知。庄美美和夏文亭闪电结婚嫁入夏家，她的动机不一定是爱情。但是他们父子是否被发展成特务了呢?不得而知。于是“梅花案件”特别专案小级成立了，公安局决定监视夏家父子。
夏老先生十分通情达理非常配合公安人员的监视工作，而夏文亭非常不满与公安战士大吵大闹。馆长在档案馆找了间空房间作为龙飞和南云的结婚新房。他们开始准备操办婚姻大事。肖克得知龙飞和南云结婚的事，心里有点惆怅。龙飞和南云坐车买结婚物品的时候突然听到售票员报站名“清泥洼路到了”，这句话点醒了龙飞，他想起了那张自燃的纸条上的“清泥洼路”字样，于是他给清泥洼路上的每一位住户都发了一封信。
火葬厂方面传来了坏消息，说庄美美的尸体没经过同意就被火化处理了。肖克急了，赶到火葬厂火化工却说人已经被烧了。但是医学院解剖室却有人报案说多了一具女尸。肖克找到医学院解剖室的教师向学一，吃惊地发现那具多出来的女尸竟然就是庄美美!
梅花档案第8集剧情介绍肖克对庄美美的尸体来历进行了细致调查，尸体是怎么到了解剖室的?疑点集中到了向学一身上，为什么这个尸体被运来运去，难道尸体里有什么有价值的东西?突然有人报告向学一去了火葬厂，肖克决定加强对向学一和解剖室的监控。龙飞不断地收到清泥洼路的退信，同事对他的行踪感到奇怪。叶蕾毕业了分配到肖克的身边工作。
第一次任务就是跟肖克一起到医学院查看庄美美的尸体，可是她只看了一眼弹痕累累的尸体就被吓的晕了过去。她心里十分羞愧，父亲却鼓励她给她勇气和信心。龙飞总是早出晚归，一心一意准备结婚的南云几次和他相约却扑了空，心里很不高兴，隐隐约约地觉得他们两人之间出了问题，龙飞安慰她并兴致勃勃地计划婚礼的内容。
在公共汽车上，龙飞邂逅了护士梅香。龙飞去找她看病，梅香护士对他百般暧昧。因为上次的晕倒，叶蕾很不好意思，于是她自报奋勇地去医学院解剖室蹲点，监视向学一。但她心里却打起了鼓。晚上实在害怕，于是找龙飞帮忙陪她壮胆，龙飞答应了。
梅花档案第9集剧情介绍在医学院解剖室里龙飞给叶蕾讲起了“背靠背”的恐怖故事，正在两人毛骨悚然的时候，黑乎乎的医学院的楼道里摸进来了个人影，叶蕾被吓的逃离医学院。只剩下龙飞一个人，那个人从解剖室里抱着庄美美的尸体正准备往外偷，龙飞经过一翻苦战终于将他打倒在地，肖克等人及时赶到，并将其捕获。
开灯一看竟然是肖克曾经找过的火化工向永福，原来他是向学一的父亲。但是向永福眼疾手快同时把庄美美眼睛里的胶卷迅速曝光了。向永福交待，他的使命是要把庄美美拍到的军事基地的建筑平面图交给梅花组织。但是自己败露了，胶卷决不能落在公安人员手里，所以他只能毁了它。
叶蕾受到擅自离守的处分，保证不再犯错。南云向肖克及叶雷了解到龙飞的情况，并希望不要影响他们，两人和好如初，定下婚期。但是龙飞觉得梅香不是普通的护士，依然时不时的去造访她。龙飞想从梅香那里了解白家老宅的情况，梅香好像一无所知。
梅花档案第10集剧情介绍专案组制定了下一步行动计划，让向永福去接头。却没想到向永福左思右想，他不愿意出卖他的组织，又不愿意连累儿子，最后选择了死。向永福自杀，线索中断。这给行动造成了更大的困难，肖克向专案组请命，以让他假扮向永福，利用向永福单线接头中的漏洞，直接和取图的人接上关系，代替向永福，打入特务组织。
龙飞越来越怀疑梅香是特务，说要和她玩抓特务的游戏。肖克提前来喝南云和龙飞的喜酒，叮嘱龙飞今后好好待南云。叶蕾也在婚礼的一大早赶来告诉他临时有任务不能参加婚礼了，提前送来礼物。龙飞突然明白今天江边有行动，追至江边，还告诉肖克不要去，肖克骂龙飞太没有原则，坚持行动。
肖克被前来接头的特务黄栌看出破绽，行动失败了。龙飞因泄露情报被我公安人员抓获，没能如时进行婚礼。龙飞跟赵处长说明了一切他所做的事的目的，并让转告肖克。南云由于龙飞没能与她正常进行婚礼，十分伤心。龙飞保证以后不会再有这样的事，并向南云道歉。
梅花档案第11集剧情介绍行动失败后，赵处长给大家开会，批评了肖克。南云来找龙飞，他又不在家，门上挂着一把锁。依然是屡屡失约，常常找不到他的踪迹。叶蕾怀疑龙飞是特务，就对肖克讲了。梅香果真是特务。黄栌的公开身份是电影院的副经理，电影院就是他们活动的地点。他一直在打梅香的主意。当他发现他和梅香之间又冒出个龙飞的时候心中很是不快。黄栌早看出梅香对龙飞的态度暧昧，他已经追求梅香多年。于是黄栌在龙飞进到护士站的时候在背后将他打晕绑架了龙飞。
梅香制止了黄栌为泻私愤折磨龙飞，但是她并没有很快放龙飞走。梅香问龙飞为什么行动那天要救肖克?龙飞告诉梅香肖克是他的朋友。她对龙飞的解释颇为满意，她决定放龙飞走，但要他说出是谁杀死了庄美美，却没想到，龙飞说庄美美就是他杀死的。黄栌想问清龙飞到底是什么人，并对龙飞施以私刑。
龙飞反问梅香能否加入特务组织。黄栌的父亲黄飞虎逼问龙飞是怎么杀死他女儿黄菲也就是庄美美的，并让他带杀死黄菲的真正凶手来。龙飞明白这就是考虑他的加入了。一连几天不见龙飞的踪影，南云心里有了不详的预兆。她撬开龙飞的门，乱翻他的东西，发现了梅香写给龙飞的信笺，上边写着“老时间，老地方见”，心如刀绞。
梅花档案第12集剧情介绍龙飞下决心要成为黄飞虎他们中的一员，他时不时地和梅香出双入对。南云因为失望到寺院找弱行师傅寻求解脱，弱行希望南云一定好好选择，好好活着。档案馆的同事们议论纷纷，跟龙飞说处理好男女关系，这让龙飞很恼火，叶蕾更加觉得龙飞有问题。肖克去找南云发现她正站在房顶以为她要自杀，一把将她揽在怀里。心事重重的南云啼泪具下，肖克一番劝说安顿好南云便回家了。梅香收到一封莫名其妙的信，黄飞虎要她查清是写的，并说要给龙飞看看。
黄飞虎看信后得知龙飞与南云的关系，同时也对他的身份大为怀疑，便派梅香去证实。龙飞再次向南云保证一定要办一次婚礼，只有他们两个人。结婚的晚上，南云准备好一桌饭菜等着龙飞，龙飞没能及时回来，让南云倍加心酸，再次绝望。正当南云暗自落泪的时候，梅香却尾随龙飞回到档案馆的新房。
她逼着龙飞杀死南云证明自己的身份，意想不到的是南云一把夺过了枪，用枪口对着自己，开枪自杀了。南云自杀事件给龙飞造成了极其恶劣的影响，他被开除了档案馆的公职。龙飞将黄菲的骨灰送致黄飞虎处，并得到他的初步信任。
梅花档案第13集剧情介绍为进一步考验龙飞，梅香给他布置了一个取胶卷的任务，在她的指挥下，龙飞、梅香、黄栌来到医学院，到了发现庄美美尸体的现场，把藏在人体标本右眼中的微缩相机取出。龙飞恍然大悟，原来向永福身上的图并不是真的，他已经把真图藏在这里。
在路上却碰到了暗中监视龙飞的叶蕾，双方发生冲突，叶蕾向龙飞开了枪，她怀疑龙飞已经投靠了敌人。黄飞虎对龙飞的任务很满意。龙飞受了伤，梅香悉心照顾，而且再次向他示爱。龙飞问胶卷里是什么东西，梅香说是雷达站的平面图纸，这是黄菲从夏文亭那里弄到的。
因为胶卷的事龙飞赢得了黄飞虎的信任，他把胶卷教给大老李严加看管，并绘出雷达站平面图，以便在特务组织破坏行动时使用。龙飞把这个消息告诉了肖克，赵处长开始布置了一系列反破坏雷达站计划。龙飞几次想接近大老李正在画的图纸，但未果。肖克告诉龙飞，让他用雷达站图去调换真图，以破坏敌人行动的计划。
梅花档案第14集剧情介绍龙飞的伤在梅香的照料下恢复的很快，他对梅表示感谢，梅香借机进一步向龙飞示爱，恰好被黄栌看到，他非常恼怒，但遭到梅香痛斥，愤怒中梅香说自己是白敬斋的女儿叫白蔷，龙飞暗自吃惊，不知道梅香还隐藏了多少重要秘密。龙飞终于找到机会独自进入绘图室，将图纸掉了包，龙飞巧妙地销毁了正在绘制的真图。
黄飞虎得知后大发雷霆。大老李和黄栌对图纸烧毁表示怀疑，他们开始怀疑龙飞。黄栌决定从夏文亭开刀，夏文亭果然给黄栌找来了真图，但黄栌拿到真图时却翻脸威胁，让夏文亭好好为特务服务，否则死路一条。小刘经查实证明白敬斋确实有三个女儿，分别叫：白薇、白蔷、白蕾。
大老李绘完了其图，黄飞虎决定要唤醒冬眠已久的梅花组织成员准备开始大规模破坏雷达行动。但不少人却不愿继续为组织效力了，黄栌开始对这些人产生不满。但龙飞却并不知道敌人手里已经又有了真的雷达站平面图，赵处长他们依旧按照龙飞掉包的假图纸部署反破坏计划。
梅花档案第15集剧情介绍肖克在南云的档案里发现她母亲还是个烈士，是解放前被一个叫刘吉祥的人出卖的。黄飞虎对龙飞非常信任，加之梅香对龙飞又情有独钟，黄栌妒意大发，不断地给龙飞设置障碍，并对他的身份产生进一步的怀疑。梅香和黄家父子的矛盾进一步加深。
原来黄家一系是原军统的，而白敬斋属于中统一系。中统、军统矛盾复杂，白、黄两系也一直不睦。龙飞把这一重要线索告诉肖克，他觉得黄白两家的矛盾可能会帮他不少忙。同时，白蔷让龙飞负责与潜伏特务联络，龙飞感觉此次是大好时机，也许离一举破获梅花组织的日子不远了。
他说服肖克不要阻拦特务组织购买炸药等准备行动，而是等到最后，一举全歼。梅香对龙飞再次示爱，龙飞明白地告诉她，他们俩的关系只能是朋友。龙飞在盯梢黄栌的时候被公安人员当成无业游民抓了起来，黄家对他的行为产生了怀疑，但龙飞凭借自己的机智驳斥众人的怀疑之辞，重新赢得了黄飞虎的信任。
梅花档案第16集剧情介绍但黄栌对龙飞的怀疑却有增无减，同时他看到龙飞不仅重新取得了大家的信任而且还更加让梅香着迷，他不肯善罢甘休，非常生气，并企图施暴梅香，梅香几度挣扎，恰好龙飞赶来制止，梅香开枪打死了黄栌。黄栌的死引起了特务的不安，黄飞虎为了安定军心，忍住失去爱子的悲痛，让大家不要动摇。
但是黄飞虎却改变了计划，暂停了行动。然而肖克他们依然认为特务们会依照假雷达站图计划行动。梅香派人打开了南云的墓，发现里边竟然是空的。夏文亭在特务活动里陷的太深，其父亲让他到政府投案自首，他却嘲笑父亲放弃英国的优越生活条件，一厢情愿地回国建设，却被怀疑成特务，真是不可思议。在行动之前黄飞虎接到了一个电话，让他们马上行动，并改变了进攻方向，没收了龙飞的枪。
龙飞面临计划突变只能干着急，无法通知肖克他们计划已改。原来行动前，黄飞虎接到上级命令，说组织内有卧底，黄飞虎决定带着电影院全体特务撤离，夏文亭要求跟黄飞虎走。肖克赶来时已经人去院空，公安人员散开开始搜查，向山中转移。这时却一只枪从背后顶过来，肖克呆住了。
梅花档案第17集剧情介绍那支枪是特务的。因为天色已晚，只有肖克一人仍然紧追不舍，和大部队失去了联系，反而落在特务们的包围中，黄飞虎让龙飞当众人的面杀死肖克，龙飞艰难地举起枪将肖克一枪击倒在地，叶蕾听到枪声赶来，看到肖克已倒在了血泊中。黄飞虎等继续向山中行动，众人分散到特务村的各家各户安顿下来，白蔷与龙飞住在山中，龙飞神情恍惚。
肖克被叶蕾送到医院抢救，在医生的努力和叶蕾的看护下抢救过来，肖克接受上级任命，全力追缴特务组织，他发出的第一道命令就是通缉龙飞，龙飞由于失去朋友、妻子情绪很低落，和白蔷无端争吵了起来，失手打了白蔷。赵处长让大家认真总结一下这次行动失败的原因。
山中营地通过电台接到一个代号叫“吉祥”的人发来的命令，要求全体人员按兵不动，等待梅花图的出现，龙飞听到消息后更加着急，寻找机会下山求援，一番惊心动魄的洞穴历险，龙飞终于摸下了山，白蔷发现龙飞独自下山，没有通知手下便悄悄跟了下来。龙飞摸进城里后没想到到处都是通缉他的通缉令，于是撤到医院看肖克。
梅花档案第18集剧情介绍龙飞探望中枪在医院的肖克，叶蕾这时进来，用枪对准龙飞。龙飞反以叶蕾作人质才得以逃出。龙飞来到南云墓前，梅香出现，她告诉龙飞南云是她的姐姐，这时公安来搜捕龙飞，龙飞将南云和梅香的照片放在墓前。
梅香在小河边向龙飞讲起了白家三姐妹的事，南云是她的姐姐，叫白薇，她叫白蔷，她还有一个小妹妹叫白蕾。讲起她们小时候的事还有白家老宅以及他们身上的梅花，虽然是同父异母的姐姐却没见过几次面。
三号命令的二级行动是细菌战——鼠疫。黄飞虎对这种下九流的行动计划嗤之以鼻，拒不执行。他和龙飞被关。肖克的调查在进行，他们发现南云的真相，原来她不仅没有死，而且也是个特务。
梅花档案第19集剧情介绍南云用脱身法潜伏在尼姑庵。特务村鼠疫流行，有人还因此死亡。一时间人心惶惶。梅香来迎接黄飞虎和龙飞，他们三个商量哗变，取得了山寨的控制权。
三人再次约见神秘三号。肖克的会议在开着，根据了解的情况，范围缩小到梅山县是特务山寨。南云的特务身份进一步确定。肖克来到叶蕾家吃饭，叶蕾的爸爸叶枫和妈妈都非常殷情地款待他，肖克走了以后，爸爸开玩笑问她，你是不是和他谈恋爱了?叶蕾满脸通红地否认了。
肖克来到化验室，从化验的结果看，肖克吃惊发现庄美美眼里的微缩胶卷是被南云取走的。肖克一行人追到梅山镇，探寻特务的行踪。但不幸被特务们发现，叶蕾被特务抓走，龙飞被我公安抓住。
梅花档案第20集剧情介绍双方协商在河边交换叶蕾和龙飞，肖克听了一下子火冒三丈，立刻带上龙飞来到山里。这时候他才意识到，原来叶蕾在他的心里已经是那么重要。我公安已做好战斗准备，在人质交换后，大部队上山围剿特务将他们一网打尽，大部分特务被抓，只有龙飞、梅香和黄飞虎在逃。
龙飞跟着黄飞虎、梅香等四人来到山洞，龙飞趁大家睡觉时，下了他们的枪，龙飞明确告诉黄司令和梅香他是公安，梅香愤怒而去，黄司令被龙飞押着回到指挥部，肖克终于明白龙飞的立场，他向龙飞伸出了双手。部队押解黄飞虎回城，途中遇冷梅，黄司令中弹身亡。枪是梅香开的，梅香自己也受了伤。
梅香死在了他爱的人龙飞的怀里。龙飞回到公安局。三号是谁?梅花组织还没有彻底消灭，梅花组织的三级行动是刺杀我军重要将领，这个行动的危害最大。这时梅花组织找到了隐藏的南云，为了掩人耳目，南云杀了弱行尼姑，她开始行动了。肖克和龙飞也来找南云，但是他们来晚了一步。
梅花档案第21集剧情介绍在回去的路上龙飞问肖克是不是在和叶蕾谈恋爱，肖克脸红了。肖克晚上送叶蕾回家，问她觉得自己怎么样，叶蕾幸福地笑了。但是叶蕾发现了自己的妈妈朱娜的鞋上沾满了他们在山洞里看到过的蝙蝠屎，心里对她产生疑问。
把家里厨房里的很多东西都拿到公安局去化验。发现家里有密写药水。法医告诉她这种东西不是老百姓过日子用的东西。朱娜原来也是冒名顶替的。叶蕾拿着那堆从家里拿来的一些化学药品回家，不小心药水打湿了自己的衣服，回到家才发现自己的肚皮上竟然也有一朵梅花。
她五雷轰顶，痛苦之下准备去找肖克，路上白薇把她拽到油菜花地里，告诉她，她们都是白敬斋的女儿，她们是亲姐妹，叶蕾痛苦万分，只好对着天空连发数枪。叶蕾急切地见到肖克，扑在他的怀里，把埋在心里的一切都告诉了他，肖克坚持叶蕾是无辜的，叶蕾坚决要求监视朱娜的任务揽了下来。
梅花档案第22集剧情介绍(大结局)叶蕾在家中继续着对朱娜的侦察，终于发现了她的秘密，叶蕾的家里的一堆照片里发现朱娜原来就是旧报纸上的登载过的刘吉祥，她的身上纹着一朵梅花，朱娜果真是特务，她正吃惊的时候又亲眼看见父亲叶枫竟然亲手勒死了朱娜，不仅朱娜是特务，连她非常崇拜的父亲也是坏人，她感到情况的危急。叶蕾马上打电话给肖克，但肖克拿走电话时对方却已挂断了。肖克觉得不妙，赶到叶家，但空无一人，只看到地上的朱娜的照片，叶枫却假悲痛报了案。
原来，叶枫就是三号，他见朱娜暴露，便抢先一步将她杀死，免除了后患。他决定不惜一切代价重组梅花组织，为反攻大陆做好准备，因此才冒险暴露自己，绑架白蕾，要挟白薇。空军作战会议隆重召开，可是肖克在会场里却忽然发现了白蕾的身影。就在海军将领们向着白蕾的方向走来的时候，白蕾则随着一声巨响化成了一道灰烬。这又是叶枫的罪恶之举。白薇约见三号叶枫，告诉他他梦寐以求的梅花图就在自己的身上。
叶枫果然如约而至，用特制的药水将梅花图显影。白薇则把叶枫引到江边的悬崖旁，诱惑他说出了自己当年潜伏大陆，赢得信任，出卖白敬斋，驾祸黄飞虎的全部事实。最终，白薇与叶枫同归于尽，用自己的生命为自己父亲和妹妹报了仇。而龙飞和肖克也终于得到了全部潜伏特务的名册——梅花图。龙飞和肖克立功受奖，他们保卫了国家利益。
